Miejscem świadczenia i opodatkowania usług pośrednictwa finansowego jest miejsce, gdzie faktorant jako nabywca usługi posiada siedzibę, czyli Polska zgodnie z art. 27 ust. 4 pkt 3 ustawy o VAT. Usługa faktoringu świadczona przez podatnika z innego państwa na rzecz faktoranta polskiego jest importem usług. Faktorant jako eksporter powinien więc wystawić fakturę wewnętrzną VAT z tytułu faktoringu jako importu usług i naliczyć podatek należny, zgodnie z art. 106 ust. 7 ustawy o VAT. Za podstawę opodatkowania powinien przyjąć kwotę, jaką obowiązany jest zapłacić faktorowi zagranicznemu, zgodnie z art. 29 ust. 17 ustawy o VAT. W praktyce, ze względu na jej złożoność, jej prawidłowe ustalenie sprawia problem, także ze względu na brak jednolitego stanowiska organów podatkowych.
Wskutek zawarcia umowy faktoringu zagranicznego polski faktorant otrzymuje pieniądze, natomiast faktor zagraniczny - prowizję i często również odsetki dyskontowe. Odsetki te obliczane są zazwyczaj według stopy procentowej, zgodnie z umową, obliczaną za okres od dnia przelewu wierzytelności do dnia jej zapłaty faktorowi przez zagranicznego dłużnika. Można zatem przyjąć, że są one wynagrodzeniem za spełnienie funkcji faktoringu polegającej na zapewnieniu finansowania działalności faktoranta. W tej części zatem faktoring stanowi substytut kredytu bankowego lub pożyczki. Powstaje więc pytanie, czy skoro wynagrodzenie w postaci odsetek dyskontowych za udostępnianie kapitału w ramach faktoringu ma taki sam charakter jak odsetki od kredytu czy pożyczki, nie powinno być traktowane na równi z nimi, a zatem jako usługa pośrednictwa finansowego w tej części czy nie powinno również podlegać zwolnieniu z opodatkowania?
Jednak podstawa opodatkowania importu usług faktoringu międzynarodowego powinna obejmować nie tylko prowizję faktora (wynagrodzenie w ścisłym sensie), ale również wszystkie inne elementy składające się na jego wynagrodzenie, w tym także odsetki dyskontowe. Usługa faktoringu eksportowego ma charakter kompleksowy, w związku z czym nie powinna być rozdzielana na osobne usługi proste. Poza tym, przepis art. 29 ust. 17 ustawy o VAT stanowi, iż podstawą opodatkowania w imporcie usług jest kwota, którą usługobiorca (faktorant) jest obowiązany zapłacić faktorowi. Otóż eksporter (faktorant) obowiązany jest zapłacić faktorowi zagranicznemu nie tylko prowizję, ale również odsetki dyskontowe. Wyodrębnienie na fakturze wewnętrznej dokonywanych płatności z podziałem na zwolnione i opodatkowane jest niezgodne z naturą umowy faktoringu, o ile zapisy umowne nie uzależniają zawarcia umowy faktoringu od takiego wyodrębnienia co do poszczególnych usług prostych oraz co do sposobu ich kalkulacji. Jeżeli jednak zapisy umowne uwzględniają ww. podział na usługi obrotu wierzytelnościami (faktoringu w ścisłym tego słowa znaczeniu) oraz na usługi kredytowe, a w konsekwencji na usługi zwolnione i opodatkowane, to chyba tylko i wyłącznie ze względu na aspekty podatkowe (czyli VAT od tej usługi). Ale podział faktoringu na odrębne usługi jest prawidłowy wyłącznie wtedy, gdy są one zdarzeniami autonomicznymi, co należy do rzadkości. Generalnie więc wszystkie czynności wykonywane w ramach umowy faktoringu jako umowy kompleksowej powinny być opodatkowane jedną, 22% stawką VAT.