Reasumując dotychczas poczynione uwagi, należy podkreślić, iż na terytorium RP magazyn konsygnacyjny będzie prowadzić przedsiębiorca zagraniczny. Natomiast wprowadzone do magazynu towary przeznaczone będą dla jednego i z góry określonego przedsiębiorcy polskiego. Ponieważ istota omawianej instytucji polega na rozpoznaniu przez odbiorcę wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, to niezbędne jest, aby polski przedsiębiorca posługiwał się numerem VAT UE dla potrzeb tej transakcji. Jeżeli przepisy państwa członkowskiego będą przewidywały funkcjonowanie analogicznej instytucji, to odpowiednio polski przedsiębiorca będzie mógł utrzymywać skład konsygnacyjny w tym państwie członkowskim, wprowadzać do niego towary oraz rozpoznać wewnątrzwspólnotową dostawę towarów dopiero w momencie pobrania ich przez zagranicznego kontrahenta. Dla potrzeb tej transakcji polski przedsiębiorca nie będzie musiał rejestrować się jako podatnik VAT w państwie członkowskim kontrahenta. Wówczas do zastosowania stawki 0%, właściwej dla wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, wystarczy, aby polski podatnik dla tej transakcji podał jedynie numer VAT UE, jakim posługuje się zagraniczny przedsiębiorca.
W świetle stosowanej przez organy podatkowe wykładni przepisów ustawy transport własnych towarów przez podatnika pomiędzy państwami członkowskimi Unii Europejskiej rodzi następujące konsekwencje. W kraju wywozu towarów przedsiębiorca zagraniczny powinien rozpoznać wewnątrzwspólnotową dostawę towarów. Natomiast w kraju przywozu, czyli w Polsce, przedsiębiorca powinien rozliczyć podatek należny i naliczony z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. W tym celu podatnik musi zarejestrować się w Polsce, jako podatnik VAT. Następnie, jeżeli przedsiębiorca dokona sprzedaży towarów na rzecz polskiego podatnika, zobowiązany będzie do rozliczenia także dostawy towarów.
Projektodawcy konstruującemu instytucję magazynu konsygnacyjnego zależało na ograniczeniu uciążliwych obowiązków administracyjnych związanych z transakcjami wewnątrzwspólnotowymi. Jednakże z możliwości rozliczania transakcji w oparciu o konstrukcję magazynu konsygnacyjnego będą mogli skorzystać jedynie ci podatnicy VAT, którzy zawiadomią o tym zamiarze naczelnika urzędu skarbowego właściwego dla podatnika polskiego - przyszłego odbiorcy towarów. Zawiadomienia może dokonać także przyszły odbiorca towarów, pod warunkiem iż zostanie do tej czynności upoważniony przez zagranicznego kontrahenta. Do zawiadomienia muszą zostać dołączone oświadczenia złożone przez przedsiębiorcę zagranicznego oraz przedsiębiorcę polskiego, iż przemieszczane towary będą rozliczane zgodnie z przepisami dotyczącymi magazynu konsygnacyjnego.