Właściwość miejscową organu podatkowego dla podatników nieposiadających na terytorium Polski siedziby, stałego miejsca zamieszkania ani stałego miejsca prowadzenia działalności ustala się zgodnie z art. 3 ust. 3 pkt 2 ww. ustawy o podatku od towarów i usług. Natomiast jeżeli podatnik zagraniczny utworzył na terytorium Polski oddział (oddziały) lub posiada inne stałe miejsce prowadzenia działalności, właściwość miejscową dla takiego podatnika ustala się na ogólnych zasadach zgodnie z art. 3 ust. 1 – 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług.
Należy przy tym mieć na uwadze, że powyższe przepisy ustawy o podatku od towarów i usług nie naruszają, zgodnie z art. 3 ust. 3a tej ustawy, przepisów ustawy o urzędach i izbach skarbowych.