Mając powyższe na uwadze, decyzją z dnia 18 stycznia 2008 r. organ pierwszej instancji określił skarżącemu za miesiące od stycznia do sierpnia 2006 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres, za miesiące lipiec i sierpień 2006 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy oraz zobowiązanie podatkowe za miesiące od września do grudnia 2006 r. i od stycznia do sierpnia 2007 r. Organ uznał bowiem, że podatnik nie mógł skorzystać z prawa pomniejszenia podatku należnego o podatek naliczony, gdyż nie dopełnił warunku określonego w art. 116 ust. 6 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535 ze zm., dalej zwanej "u.p.t.u."), tj. w dokumencie stwierdzającym dokonanie zapłaty za nabyte towary (jaja) nie podano daty wystawienia faktury VAT RR. Ponadto stwierdzono, że w okresie od 1 stycznia 2007 r. do 7 września 2007 r. podatnik zaniżył obrót ze sprzedaży jaj, a tym samym podatek VAT należny uzyskany z tej sprzedaży.
1.3. Po rozpatrzeniu odwołania Dyrektor Izby Skarbowej zaskarżoną decyzją uchylił decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w części dotyczącej rozliczenia podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do sierpnia 2007 r. i określił za te miesiące kwoty zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług, zaś w pozostałej części utrzymał wskazaną decyzję w mocy.
Dyrektor Izby Skarbowej podzielił argumentację organu pierwszej instancji w zakresie dopuszczalności powiększenia przez nabywcę produktów rolnych podatku naliczonego o zryczałtowany zwrot podatku od towarów i usług, w rozliczeniu za miesiąc w którym dokonano zapłaty na podstawie art. 116 ust. 6 u.p.t.u. wyjaśniając, że jednym ze wskazanych w treści powyższego przepisu warunków jest obowiązek zamieszczenia w dokumencie stwierdzającym dokonanie zapłaty numeru i daty wystawienia faktury potwierdzającej zakup produktów rolnych.
Jednocześnie organ odwoławczy uwzględnił przedstawiony przez skarżącego dowód w postaci zeszytu strat. W tym zakresie wskazał, iż w protokole z kontroli podatkowej nie stwierdzono braku udokumentowania strat, a nadto charakter sprzedawanych przez skarżącego towarów wiąże się z ryzykiem występowania strat w prowadzonej przez niego działalności. Z uwagi na powyższe organ odwoławczy uchylił w części decyzję organu pierwszej instancji i w tym zakresie określił podatek od towarów i usług.