2. Skarga do Sądu pierwszej instancji.
2.1. W skardze strona wniosła o uchylenie decyzji obu instancji, zarzucając organom podatkowym naruszenie: art. 25 ust. 6 lit. a i ust. 7 VI Dyrektywy Rady z dnia 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji przepisów Państw Członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych - wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku 77/388/EWG (Dz. U. WE L 145 z 13 czerwca 1977 r. ze zm., zwanej dalej "VI Dyrektywą"); art. 86 ust. 1 u.p.t.u. przez odmowę skorzystania z prawa pomniejszenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o którym mowa w art. 86 ust. 2 pkt 3 u.p.t.u. i tym samym naruszenie zasady neutralności podatku od wartości dodanej; art. 116 ust. 6 pkt 3 u.p.t.u. przez uznanie, że dokumenty potwierdzające zapłatę należności na rzecz rolnika ryczałtowego nie zawierają elementów określonych przepisami prawa, niezbędnych dla skorzystania z prawa podatnika do pomniejszenia kwoty podatku należnego o kwotę dokonanego zryczałtowanego zwrotu podatku; naruszenie dyspozycji wynikającej z orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego z dnia 22 maja 2007 r. SK 36/06 o niekonstytucyjności poprzednio obowiązującego art. 33b ust. 4 ustawy o VAT z 1993 r.
W uzasadnieniu skarżący podnosił, że art. 116 ust. 6 pkt 3 u.p.t.u. w zakresie, w jakim przewiduje negatywne konsekwencje dla podatnika, który nie spełni określonych w nim wymogów, jest sprzeczny z art. 25 ust. 6 lit a i ust. 7 VI Dyrektywy i narusza zasadę neutralności podatku od towarów i usług. Odnosząc się do powołanego wyroku Trybunału Konstytucyjnego skarżący wskazał, że wymogi wynikające z omawianego przepisu są wyrazem nadmiernego fiskalizmu i są sprzeczne z zasadami demokratycznego państwa prawa.
2.2. W odpowiedzi Dyrektor Izby Skarbowej wniósł o oddalenie skargi.
2.3. W piśmie procesowym z 29 października 2008 r. pełnomocnik skarżącego wniósł o zwrócenie przez Wojewódzki Sąd Administracyjny z pytaniem prawnym do Trybunału Konstytucyjnego co do zgodności art. 116 ust. 6 pkt 3 u.p.t.u. z Konstytucją RP w zakresie, w jakim nakłada on na podatnika obowiązek ujawnienia w dokumencie stwierdzającym dokonanie zapłaty należności za produkty rolne daty wystawienia faktury potwierdzającej nabycie tych produktów.
3. Uzasadnienie rozstrzygnięcia Sądu pierwszej instancji.
3.1. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie stwierdził, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie.