Pod względem gatunkowym największe zagrożenie czyha na ryby, których tryb życia skupia się na okresowej migracji w różnych odcinkach rzeki. Prawdą jest, że pozwolenie środowiskowe IBAMA na budowę tam nakłada obowiązek budowy kanałów umożliwiających migrację ryb lecz nie zmienia to faktu, że tamy będą skutecznie blokować trasy wędrówek poszczególnych gatunków. Śmiertelność ryb będzie wysoka, a perturbacje spowodowane tymi zaburzeniami odczuje bezpośrednio ludność uzależniona od rybołówstwa. Bezpieczeństwo żywieniowe społeczeństw indiańskich, rolników i mieszkańców miast uzależnione jest od dostępu do ryb, w tym takich gatunków jak Dourada i Piramutaba.
Uruchomienie tamy przyczyni się do emisji rtęci do środowiska oraz zwiększy zagrożenie malaryczne w regionie. Ostatnia z konsekwencji będzie wynikać bezpośrednio z rozlewisk-jezior jakie utworzą się wokół rzeki; ich bierna struktura będzie doskonałym środowiskiem dla rozwoju moskitów. Wylew rzeki na przybrzeżne obszary dotknie również ludność zamieszkującą obszary nadrzeczne. Ocenia się, że po stronie brazylijskiej przemieszczenia ludności dotkną co najmniej kilka tysięcy osób, a powodzie będą odczuwalne również w sąsiedniej Boliwii i Peru. Prezydent Boliwii, Evo Morales w styczniu 2007 roku powiedział, że „Jakiekolwiek zalanie terytorium Boliwii byłoby obrazą suwerenności kraju’".
Budowa kompleksu tam na rzece Madeira będzie skutkować dalszymi konsekwencjami, wynikającymi bezpośrednio z wdrożenia projektu. Będą to wylesienia, budowa dróg oraz migracja powodująca poważne zmiany demograficzne w regionie. Pierwszym członem migracji będzie napływ wędrownych robotników. Dla przykładu, szacuje się, że większy projekt, budowy tamy Belo Monte na rzece Xingu może sprowadzić 100-200 tysięcy wędrownych pracowników.
Już teraz problem migracji oraz praw pracowników zatrudnionych przy konstrukcji tam na rzece Madeira budzi kontrowersje. Na przełomie 20-23 kwietnia 2010 r. doszło do protestów robotników zatrudnionych przy budowie tamy San Antonio. Przyczyną były złe warunki mieszkaniowe, brak dostępu do lekarzy i pielęgniarek w weekendy oraz śmierć jednego z robotników. W ferworze zamieszek zniszczono trzy samochody, a czterech kolejnych pracowników zostało aresztowanych.