Po południu, zgodnie z oświadczeniem indonezyjskiej armii, żołnierze sił zbrojnych (TNI) i funkcjonariusze policji zaczęli strzelać w powietrze z ostrej amunicji, nawołując uczestników kongresu do rozwiązania spotkania. Miały to być tylko strzały ostrzegawcze, ale nie ulega wątpliwości, że niektóre karabiny zostały skierowane bezpośrednio w kierunku nieuzbrojonych ludzi. Następnie indonezyjskie siły bezpieczeństwa użyły gazu łzawiącego, przystępując do rozpraszania tłumu i bicia licznych uczestników. Wielu zgromadzonych zdołało się wymknąć, uchodząc do lasu, chowając się w zakrzaczeniu lub wtapiając się w grono przechodniów przy stoiskach spożywczych. Znaczna część Papuasów, w tym kobiety i dzieci, znalazła się jednak w krzyżowym ogniu działań indonezyjskich sił bezpieczeństwa. Żołnierze i policjanci dopadli znaczną grupę ludzi i zaczęli okładać ich pałkami, kijami bambusowymi i kolbami karabinów. Człowiek po człowieku upadał na ziemię, błagali funkcjonariuszy o zatrzymanie pokazu siły. W odpowiedzi spotykali się z kopaniem.
Mniej niż 100 metrów od miejsca wydarzeń stał klasztor i internat pastorów. Członkowie armii napadli go strzelając w powietrze i w stronę zabudowań. Kilku oficerów miało krzyczeć „Niech nikt nie wychodzi z domu, zostańcie tam gdzie jesteście”. Ksiądz Adrianus Tuturu relacjonując przebieg wydarzeń powiedział: „Dziesiątki urzędników wtargnęło do klasztoru i chodzili tam i z powrotem przez dwie godziny. Tak się baliśmy, że ukryliśmy się w naszych pokojach”. Obecność dziur po kulach stwierdzono na wielu ścianach a nawet wewnątrz pokoi.


 



W międzyczasie prowadząc brutalną rozprawę z demonstrantami, indonezyjscy żołnierze i policjanci dokonali aresztowań co najmniej 300 osób. Dwustu spośród nich stosunkowo szybko zwolniono, ale kolejnych stu zatrzymano na Komendzie Policji. Wśród aresztowanych znaleźli się Forkorus Yoboisembut oraz Edison Waromi, wcześniej ogłoszeni tymczasowymi przedstawicielami papuaskiego państwa. „A więc chcesz być prezydentem Papui?” – miał powiedzieć oficer, który chwycił Forkorusa za koszulkę. Uwięzionym nakazano kucać z rękami na głowie przez dwie godziny. Niektórym zdjęto spodnie i koszule po czym zmuszono do leżenia na ziemi. Według świadka wydarzeń, Yustinusa Ukago, jeden z funkcjonariuszy policji mówił zatrzymanym: „Papua nigdy nie będzie niezależna. To jest sen. Forkorus was nie wyzwoli”.