Także książęta niemieccy, głównie Fryderyk II Hohenzollern, sprzeciwiali się niezależności miast hanzeatyckich, rozszerzając swe terytoria.

Wiek XVI to wiek upadku Hanzy, wzrost wolnego handlu dalekomorskiego, głównie ze strony kupców holenderskich, uniezależnienie miast związku od Lubeki i narastające z tego tytułu konflikty.
Do ostatecznego rozpadu przyczyniła się wojna trzydziestoletnia i hegemonia szwedzka, ostatni zjazd Hanz w Lubece w 1668  r. łączył tylko 6 miast, był to koniec związku miast Hanzy, która istniała 500 lat i była fenomenem historycznym jak na tamte czasy.
Hanza przez setki lat decydowała o rozwoju gospodarczym, politycznym i kulturalnym większej części Europy, jej niezatarte ślady pozostały w miastach Hanzy do dzisiejszego dnia, a idea tworzenia ponadpaństwowych organizacji gospodarczych i politycznych, ujednolicenia praw i zniesienia barier handlowych owocuje do dzisiaj w postaci Unii Europejskiej.